Construire de meilleurs écosystèmes : L'essor de l'écologie microbienne synthétique

Ecologie microbienne synthétique

L'étude du rôle biologique des communautés microbiennes est complexe et constitue un véritable défi scientifique. Cependant, les connaissances acquises dans ce domaine offrent un potentiel considérable pour des applications dans de nombreux domaines des sciences de la vie, de la santé à l'environnement. 

En effet, en décryptant les interactions entre les espèces au sein des communautés microbiennes et la manière dont ces espèces interagissent avec leur biotope, nous pouvons élaborer des stratégies pour concevoir des communautés en vue d'applications spécifiques.

Cette approche permet de construire en laboratoire des communautés microbiennes qui sont généralement composées d'un nombre limité de souches ou d'espèces sélectionnées pour leurs caractéristiques d'intérêt. 

Les chercheurs contrôlent donc, à la fois, la composition de ces communautés et leurs conditions de développement afin d'étudier les interactions entre les espèces et leur impact sur la fonctionnalité de la communauté. Ce cadre contrôlé permet finalement d'isoler et d'identifier les facteurs qui déterminent l'assemblage et la fonctionnalité de la communauté, fournissant ainsi des informations cruciales pour le développement de nouvelles méthodes d'ingénierie du microbiome.

Une discipline en plein essor

L'écologie microbienne synthétique fait actuellement l'objet d'un intérêt grandissant, stimulée par les progrès du séquençage à haut débit, des méthodes omiques (notamment la métagénomique et la méta-transcriptomique), de la modélisation à l'échelle du génome, des technologies d'édition du génome et des nouvelles stratégies de culturomique qui fournissent désormais les connaissances et les ressources microbiennes nécessaires à sa mise en œuvre. 

La collaboration entre chercheurs de diverses disciplines telles que l'écologie microbienne, la génomique, la bioinformatique et la modélisation est un élément clé et nécessaire pour contribuer au développement de ces nouveaux outils et technologies afin de libérer le potentiel de l'écologie microbienne synthétique. 

Cependant, malgré d'importantes avancées récentes, le domaine en est encore à ses balbutiements et est quelque peu désorganisé. Il n'y a par exemple pas de consensus sur les définitions fondamentales, les protocoles et les méthodologies

À VOS AGENDA !

Les premiers webinaires débutent à l'automne 2025 et la série continuera jusqu'en juin 2026. Les webinaires sont tous prévus de 16h à 17h : 

Lors de tous les webinaires, l’intégralité des échanges se fera en langue anglaise.